Die vom St.Galler Architekten Erwin Schenker geplante «Kirchen- oder Kapellenanlage» im Nefen umfasste ein Pfarrhaus und den damit verbundenen Pfarrsaal mit Altar und Kanzel und etwa 150 Sitzplätzen. Die Kosten hierfür betrugen vorerst rund CHF 77'000, erhöhten sich dann allerdings noch etwas infolge Ergänzung der Ausstattung (z.B. mit einem Harmonium zur Unterstützung und Begleitung des Gemeindegesanges und des eben gegründeten Kirchenchores) und weiterer Anschaffungen für die Liturgie. Dennoch verblieben im Baufond «nach Bezahlung sämtlicher Rechnungen» rund CHF 33'000. So war es möglich und wohl zu verantworten, neben der Kapelle für drei aus dem alten Bernecker Geläute erworbene Glocken einen einfachen, offenen Turm zu errichten.

Auch gedachte man, auf dem zum Areal gehörenden Boden südöstlich der Kapelle einen Friedhof anzulegen. Die Pläne hierfür wurden zwar vom Regierungsrat (mit einigen Vorbehalten und Auflagen) genehmigt, deren Ausführung jedoch durch eine Reihe von gewichtigen Einsprachen verunmöglicht. So war man gezwungen, die Verstorbenen wie bisher und fern der eigenen Kirche in Balgach zu bestatten.

Darum und weil sich die Kapelle, die für viele aus der näheren und weiteren Umgebung in sorgen- und gefahrvoller Zeit zu einem Zufluchtsort und so zu einem Zentrum der Bruderklausenverehrung im Rheintal geworden war, an jedem Sonntag als zu klein erwies, betrachtete man das einmal Erreichte bald nur noch als Provisorium.

Die Suche nach einem Platz für eine grössere Kirche samt Pfarrhaus und Friedhof gestaltete sich äusserst schwierig. Nach langwierigen Verhandlungen und der Überwindung mannigfacher Widerstände tauschte im Juni 1942 die Firma Wild AG die beiden den Kapellgenossen gehörenden Grundstücke, d.h. das überbaute im Nefen und jenes andere im Vesten, gegen ein zusammenhängendes, für den Bau einer Kirche samt Pfarrhaus und die Anlage eines Friedhofes geeignetes, ebenfalls im Vesten gelegenes Areal und vergütete für den bestehenden Pfarrsaal samt Pfarrhaus CHF 100'000. Noch am selben Tag beschloss man den Bau einer neuen Bruder-Klausen-Kirche nach den Plänen des Kunstmalers und Architekten Johannes Hugentobler in Appenzell. Es sollte nach den Vorstellungen der Initianten und auf Wunsch des Bischofs Josephus Meile, mit Rücksicht auf die kriegsbedingten Beschränkungen und die Not jenseits der Grenzen, ein würdiges, aber schlichtes Gotteshaus werden.

Am 28. Juli erfolgte der erste Spatenstich und im folgenden Frühling, am 13. April 1943 erfolgte die Weihe der drei Glocken, die man von der Kapelle im Nefen herübergenommen hatte, und einer vierten, der von der Firma Rüetsche in Aarau s. Z. für die Landesausstellung in Zürich gegossen worden war. Wenig später, am 20. Juni 1943, konnte die Kirche vom Landesbischof eingeweiht werden. Dankbar und mit grosser Freude vermerkte der Berichterstatter damals: «Trotz vieler Schwierigkeiten haben wir wieder ein würdiges Gotteshaus!»

Dank guter Arbeitsplanung, des freudigen Einsatzes vieler Mitarbeiter und möglichst weitgehender Verwendung von unrationierten Baustoffen - in nächster Nähe, im Brändli beispielsweise wurde ein sehr guter Naturstein als teilweiser Ersatz für Zement und Eisen eigens für den Kirchenbau gebrochen - hatte das Werk in erstaunlich kurzer Zeit vollendet werden können. Die Gemeinde Au hatte inzwischen auch eine Zufahrt von der Auerstrasse her geschaffen und angemessen ausgebaut. Das Pfarramt übernahm die Kosten für den neuen Friedhof, wozu ihm die Mittel «von einem nicht genannt sein wollenden Spender» zur Verfügung gestellt worden waren. Hieraus ergaben sich allerdings für längere Zeit Auseinandersetzungen über Zuständigkeit, Begräbnisordnung und Unterhaltspflicht zwischen Pfarramt, Verwaltung und politischer Gemeinde, bis schliesslich 1946 der Regierungsrat den Friedhof der Aufsicht der Gemeinde Au unterstellte und diese sich auch zu - im Lauf der Jahre immer bedeutenderen - Unterhaltsbeiträgen bereit erklärte.

Im Jahre 1952 waren die Schulden aus dem Kirchenbau, welcher vorerst rund CHF 340'000 und schliesslich wegen einiger Verbesserungen und «Zutaten» - jedoch ohne die gestifteten Buntglas-Fenster - gegen CHF 370'000 gekostet hatte, abbezahlt.