Anfangs 1798 trafen sich die Rheintaler auf dem Rathausplatz in Berneck zu einer Landsgemeinde, an der beschlossen wurde, die regierenden eidgenössischen Orte zu bitten, auf die Herrschaftsrechte zu verzichten und die bisherigen Untertanen freizugeben. Die in der Folge entstandene Republik Rheintal dauerte dann allerdings nur wenige Tage; die als Befreier gepriesenen Franzosen richteten die Helvetische Republik ein. Berneck gehörte zum neu geschaffenen Kanton Säntis. Nach der Gründung des Kantons St. Gallen 1803 nahm das Eigenleben der Gemeinde seinen Anfang. Der Gemeinderat wurde bestellt, Schul- und Kirchenwesen wurden neu geregelt.

Aus seiner geschützten Lage zog Berneck den Vorteil, zum wirtschaftlichen Zentrum des mittleren Rheintals heranzuwachsen. Handwerker aller Art liessen sich in Berneck nieder. Bis in den Anfang des 20. Jahrhunderts bildete Berneck das Einkaufszentrum für die ganze Landschaft. Besonders hochentwickelt waren die Töpferei, die Küferei und die Gerberei.